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Microbiota cutaneo: scoperti oltre 200 nuovi batteri, virus e funghi

La creazione della Skin Microbial Genome Collection (SMGC) ha consentito di classificare circa l'85% delle sequenze genetiche del microbiota cutaneo e di ottenere preziose informazioni sulla sua diversità.
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Microbiota cutaneo: scoperti oltre 200 nuovi batteri, virus e funghi

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Stato dell’arte
Cambiamenti nella composizione del microbiota cutaneo sono associati a condizioni come acne e dermatite atopica. Tuttavia, l’esatta composizione del microbiota cutaneo non è stata ancora determinata.

Cosa aggiunge questa ricerca
I ricercatori hanno sequenziato il materiale genetico dei microbi presenti in quasi 600 campioni raccolti dalla pelle di 12 persone sane. Utilizzando questi dati, è stata creata la Skin Microbial Genome Collection (SMGC), una raccolta di genomi di riferimento che include 174 specie batteriche precedentemente sconosciute, quattro nuovi eucarioti e 20 fagi “jumbo”, virus molto grandi che infettano i batteri.

Conclusioni
La creazione della SMGC ha consentito ai ricercatori di classificare circa l’85% delle sequenze genetiche del microbiota cutaneo e di ottenere preziose informazioni sulla sua diversità
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Diversi studi hanno dimostrato che i cambiamenti nella composizione del microbiota cutaneo sono associati a condizioni dermatologiche, tra cui l’acne e la dermatite atopica. Tuttavia, l’esatta composizione del microbiota cutaneo non è stata ancora determinata.

Di recente, un gruppo di ricercatori ha identificato nuovi membri del microbiota cutaneo e creato una raccolta dei loro genomi di riferimento, denominata Skin Microbial Genome Collection (SMGC).

La Skin Microbial Genome Collection

La creazione della SMGC ha consentito ai ricercatori di classificare circa l’85% delle sequenze genetiche del microbiota cutaneo e di ottenere preziose informazioni sulla sua diversità.

«Lo studio, pubblicato su Nature Microbiology, rappresenta un passo importante verso l’ottenimento di una collezione completa dei genomi del microbioma cutaneo», afferma la co-autrice senior dello studio Julie Segre, del National Institutes of Health. 

«Ci auguriamo che questi dati siano utili in futuro per migliorare la nostra comprensione della salute e delle malattie della pelle».

Nuovi batteri e nuovi virus

Per indagare la diversità dei microbi della pelle, Julie Segre e i suoi colleghi hanno analizzato il materiale genetico di batteri, virus ed eucarioti presenti in 594 campioni raccolti dalla pelle di 12 persone sane. I campioni sono stati prelevati in 3 diversi momenti da 19 siti del corpo.

I ricercatori hanno combinato i metodi di coltura in vitro con il sequenziamento metagenomico per studiare la diversità del microbiota cutaneo e assemblare la SMGC, che comprende 622 specie procariotiche presenti sulla pelle umana.

I ricercatori hanno anche trovato 174 specie batteriche precedentemente sconosciute, tra cui “Candidatus Pellibacterium”, che non era mai stato associato alla pelle, oltre a 20 fagi “jumbo”.

Da tre a cinque volte più grandi di un virus medio, i fagi jumbo infettano solo i batteri e sono stati trovati più comunemente sulle mani e sui piedi dei partecipanti allo studio. «Queste aree del corpo hanno microbiomi molto diversi, il che ha senso perché utilizziamo costantemente le nostre mani per toccare oggetti nuove nell’ambiente», afferma Sara Kashaf, autrice dello studio. 

«In futuro i nostri studi avranno l’obiettivo di capire le funzioni dei diversi microbi di queste comunità», afferma la ricercatrice.

12 lieviti mai individuati prima

Oltre a batteri e virus, i ricercatori hanno scoperto anche 12 genomi di funghi, quattro dei quali non erano stati identificati prima. 

«Alcuni di questi genomi erano già noti, come la Malassezia globosa, che è stata associata al micobioma della pelle sana ma anche a condizioni come la forfora», afferma il coautore dello studio Rob Finn dell’EMBL-EBI.

 «L’uso degli stessi metodi che hanno consentito di identificare otto genomi conosciuti ci dà fiducia per i quattro nuovi eucarioti che abbiamo individuato».

I ricercatori hanno scoperto che il phylum Actinobacteriota è il più comune sulla pelle, in quanto rappresenta il 38% delle specie dell’SMGC. 

Il genere Corynebacterium contiene il maggior numero di specie cutanee recentemente identificate. Quasi 50 specie sono state condivise da tutti i 12 partecipanti allo studio e Cutibacterium acnes e Lawsonella clevelandensis A sono risultati i batteri più abbondanti sulla pelle.

Lo studio si è concentrato principalmente su persone provenienti dagli Stati Uniti, ma in futuro sarà necessario espandere l’SMGC analizzando il microbiota cutaneo di diverse popolazioni.

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