Un editoriale pubblicato di recente su Nature riassume quanto emerso in un workshop che si è tenuto presso il Wellcome Genome Campus e che ha visto la partecipazione di numerosi esperti di tutto il mondo.

Secondo quanto riportato, meno del 15% della popolazione mondiale vive in Europa o in Nord America. Tuttavia, più del 70% dei dati pubblicati sul microbioma umano – sulle raccolte di batteri, funghi e virus che vivono dentro e fuori dal nostro corpo – proviene da popolazioni europee e nordamericane. 

E circa l’85% dei 25.000 metagenomi ad alta risoluzione del tratto gastrointestinale di bambini sotto i quattro anni disponibili pubblicamente proviene da individui che vivono in queste regioni ricche.

I ricercatori stanno iniziando a esplorare il microbiota come bersaglio terapeutico per varie malattie comuni nei paesi ad alto reddito, come i disturbi metabolici, il cancro e la malattia infiammatoria intestinale. Molto meno attenzione viene data a come il microbiota influisce su condizioni come la malnutrizione e le malattie infettive che colpiscono in modo sproporzionato le persone che vivono nei paesi a basso e medio reddito (LMIC).

Secondo gli esperti tutto questo deve cambiare. È ora chiaro che il microbiota intestinale – la comunità microbica umana più studiata – dei bambini e degli adulti può differire notevolmente a seconda della geografia, dell’età, della dieta e dello stato di salute. 

Ad esempio, i bambini che vivono in Paesi a basso reddito hanno una maggiore prevalenza di malnutrizione e di infezioni intestinali rispetto ai loro coetanei nei paesi ad alto reddito. Tuttavia, la maggior parte dei dati sul microbioma proviene da paesi ad alto reddito, dove queste condizioni sono meno comuni.

La ricerca sul microbioma nei paesi a basso e medio reddito potrebbe portare a una migliore comprensione delle malattie che colpiscono queste popolazioni e alla scoperta di nuovi trattamenti. 

Ad esempio, i ricercatori hanno scoperto che il microbiota intestinale dei bambini che vivono in paesi a basso reddito è meno diversificato rispetto a quello dei bambini che vivono in paesi ad alto reddito. Questa diversità ridotta potrebbe contribuire alla maggiore prevalenza di malnutrizione e di infezioni intestinali nei paesi a basso reddito.

Gli ostacoli principali

Tuttavia, ci sono molte sfide che ostacolano la ricerca sul microbioma nei paesi a basso e medio reddito. I ricercatori in questi paesi spesso non hanno accesso ai servizi di trasporto, ai congelatori e alle forniture di energia affidabili necessari per ottenere campioni e congelarli rapidamente a temperature estremamente basse (-80 °C o inferiori). 

La congelazione dei campioni garantisce l’integrità del DNA e dell’RNA per la sequenza e la vitalità batterica per la coltura. Inoltre, questi paesi spesso non hanno le risorse computazionali necessarie per analizzare e archiviare grandi set di dati. E non hanno accesso a armadi anaerobici sigillati che sono necessari per la coltura di batteri intestinali intolleranti all’ossigeno, l’archiviazione degli organismi coltivati, la sequenza dei loro genomi e la caratterizzazione dei loro requisiti di crescita e dei loro prodotti metabolici. Questi paesi spesso non hanno le strutture necessarie per condurre studi su topi gnotobiotici.

Inoltre, i costi dei reagenti sono relativamente elevati e i tempi di attesa per riceverli dai produttori sono lunghi a causa delle sfide legate alle dogane e alle catene di approvvigionamento. Forse ancora più importante, in molti paesi a basso e medio reddito, le persone non hanno la formazione e l’esperienza necessarie per sviluppare una forza lavoro multidisciplinare che possa condurre studi sul microbioma.

Per affrontare queste sfide, i ricercatori e le organizzazioni devono lavorare insieme per affrontare la sottorappresentazione dei dati sul microbioma provenienti dai paesi a basso e medio reddito. Ciò potrebbe includere la creazione di reti robuste tra i laboratori accademici meglio dotati in Europa e Nord America e i ricercatori nei paesi a basso e medio reddito. 

Tali collaborazioni dovrebbero durare decenni anziché pochi anni, in particolare perché la raccolta di partecipanti per studi pluriennali, la raccolta e l’analisi dei dati sul microbioma e i metadati associati prodotti e la convalida dei risultati mediante modelli animali e studi clinici possono richiedere più di dieci anni.

Uno sforzo collettivo

Gli sforzi per garantire che i dati genomici e gli strumenti di analisi siano condivisi e utilizzati equamente tra tutti i collaboratori sono aumentati negli ultimi anni. Tuttavia, la legislazione internazionale come il Protocollo di Nagoya del 2010, che mira a garantire un accesso equo alle risorse genetiche, può rendere più difficile per i ricercatori che lavorano nei paesi a basso e medio reddito impegnarsi in collaborazioni internazionali. 

Alcuni paesi che hanno adottato il Protocollo di Nagoya non forniscono ai ricercatori indicazioni su quali passi compiere nella pratica. Lavorare con avvocati per redigere accordi per il trasferimento di materiali da un paese all’altro può richiedere mesi e costare migliaia di dollari. In futuro, sono necessarie procedure più trasparenti, standardizzate ed efficienti, ma eticamente fondate.

In conclusione, la ricerca sul microbioma potrebbe contribuire a affrontare alcune delle principali minacce per la salute pubblica nei paesi a basso e medio reddito. Tuttavia, per farlo, è necessario affrontare le sfide che ostacolano la ricerca in questi paesi e lavorare insieme per garantire che la ricerca sul microbioma sia più diversificata e inclusiva.