L’analisi del microbiota si fonda sul sequenziamento del DNA microbico. Nell’ambito delle infezioni gastrointestinali, tuttavia, non è solo la presenza di batteri a giocare un ruolo, ma intervengono anche virus e parassiti come protozoi ed elminti. Quindi, all’interno del microbioma, è importante anche arrivare a caratterizzare questi agenti. Ma come?
Le strade sono due. La prima è quella di partire da un approccio di “targeted meta genomics” per arrivare a un “whole genome sequencing”, cioè il sequenziamento di tutto quello che c’è all’interno del microbioma. In alternativa, è possibile combinare un “targeted meta genomics” con un’analisi discreta di alcuni di questi patogeni non batterici attraverso sistemi di realtime multiplex che possono analizzare blocchi di patogeni co-correlandoli alle sequenze di metagenomica.
L’insieme di questi dati può infine fornire un quadro completo nelle analisi diagnostiche delle gastroenteriti.
Ci parla di questo argomento Lorenza Putignani dell’Ospedale Pediatrico Bambino Gesu di Roma.
