Gli studi sul microbioma umano e animale sono sempre più numerosi e approfonditi grazie allo sviluppo di tecnologie e metodi di analisi all’avanguardia.
A che punto siamo arrivati? Quanto in realtà ne sappiamo e quanto ci rimane da fare? Melhen Bilen e i colleghi del Aix Marseille University, identificando e caratterizzando una specie batterica finora sconosciuta, dimostrano che c’è sempre qualcosa da imparare.
La scoperta, pubblicata sulla rivista MicrobiologyOpen, è il frutto di un’indagine basata sull’integrazione di dati provenienti da analisi di metagenomica, tassonomica, proteomica e metabolomica condotte su campioni fecali di maschi adulti sani della comunità dei pigmei (Congo). Questo approccio multidisciplinare applicato alle colture cellulari viene detto nello specifico “colturomica”.
Tralasciando gli aspetti più tecnici delle metodiche di studio, descriveremo le caratteristiche più importanti di questa nuova specie identificata e denominata scientificamente come Miniphocibacter massiliensis gen.nov, sp.nov. ceppo Marseille-P4678.
Ceppo Marseille-P4678
Quello che ha permesso di dire ai ricercatori di aver scoperto una nuova specie batterica è stato il confronto con i dati genetici e proteici finora disponibili.
Nel dettaglio:
- l’analisi di sequenziamento genico 16S rRNA ha mostrato come l’organismo in questione avesse più del 5% di differenze anche rispetto alla specie nota a lui più affine ovvero Parvimonas micra ceppo 3119B
- la spettrometria di massa condotta sul profilo proteico dell’organismo ha presentato picchi unici che non hanno permesso di ricondurlo a qualcosa di già identificato
Caratteristiche generali
Prendendo come spunto l’articolo originale, nella tabella seguente sono riportate le caratteristiche generali del ceppo Marseille-P4678.
| Proprietà | Ceppo Marseille-P4678 |
| Diametro cellulare (μm) | 0.7 |
| Sede | Intestino umano |
| Habitat ideale | 37° C, pH 6-8.5 |
| Modalità di respirazione | Anaerobio facoltativo |
| Gram di appartenza | Positivo |
| Motilità | Assente |
| Formazione di endospore | Presente |
| Principali attività metaboliche | Degradazione e trasformazione proteica Produzione di acidi grassi: acido esadodecanoico (52%), 9-octadecenoico (22%) e tetradecanoido (11%) in particolare |
| Resistenza antibiotica | Possibile per amikacina, colistina, kanamicina, fluconazolo e voriconazolo |
Il genoma del ceppo Marseille-P4678 è così composto e caratterizzato:
Il genoma di Marseille-P4678Una volta accertata la sua unicità, il ceppo è stato comparato con altri noti per ricercare eventuali specie affini. Oltre che con Parvimonas micra, dal confronto filogenetico è emersa una certa analogia con Anaerosphaera aminiphila, Peptoniphilus asaccharolyticus, Peptoniphilus coxii, Finegoldia magna e Helcococcus sueciensis.
- 2.083.161 paia di basi
- 2.148 geni dei quali 55 per RNA e 2.068 codificanti per sequenze di DNA
- un totale di circa 802 geni per proteine
- 25 fattori correlati a virulenza, malattie e meccanismi di difesa, 12 dei quali anche ad antibiotico resistenza e alla produzione di tossine
- 12 fattori di invasione e resistenza intracellulare
- presenza di geni per la produzione di spore
