LUCA Biologics rende pubblica VIRGO, la prima mappa completa del microbioma vaginale

Dall’incrocio di dati metagenomici e metatranscrittomici una visione senza precedenti dei batteri commensali.

I risultati sono stati pubblicati su Nature Communications. Stiamo parlando di VIRGO, il primo “catalogo genetico” completo e non ridondante del microbioma vaginale umano ottenuto grazie a un ampio set di dati di metagenomi e metatranscriptomi vaginali fino ad oggi. VIRGO è il primo database di riferimento che fornisce un approccio genico-centrico per descrivere la funzione e la variazione delle intraspecie vaginali.

Negli ultimi due decenni, i risultati di iniziative di ricerca su larga scala come il progetto del microbioma umano finanziato dal National Institutes of Health, MetaHit, il consorzio internazionale del microbioma umano e il progetto American Gut, hanno aumentato le conoscenze sul ruolo svolto microbiota nella salute e in molte malattie.

Le prime ricerche si sono concentrate sul microbiota intestinale di specie umane o animali e ha dimostrato rapidamente l’importanza di andare oltre il sequenziamento del rRNA 16S per comprendere i complessi meccanismi dell’interazione ospite-microbiota.

Nonostante il rapido avanzamento del sequenziamento di prossima generazione e la conseguente riduzione dei costi di sequenziamento, la ricerca di ecosistemi distinti al di fuori dell’intestino, come il microbioma vaginale o cutaneo, non ha finora ottenuto questo tipo di caratterizzazione.

«Sebbene il sequenziamento del gene dell’rRNA 16S abbia fornito informazioni di base sul ruolo del microbiota vaginale in una vasta gamma di malattie comuni, tra cui vaginosi batterica, infezioni del tratto urinario e clamidia, c’era un preciso bisogno insoddisfatto di utilizzare il sequenziamento avanzato per costruire un riferimento catalogo genico per la vagina. Fino ad ora mancavano la tecnologia e i dati necessari per farlo» ha dichiarato Jacques Ravel, professore di microbiologia e immunologia presso l’Istituto di scienze del genoma dell’Università della Maryland School of Medicine e co-fondatore di LUCA Biologics, una biotech che sviluppa terapie microbiome based per modulare il microbioma vaginale. «VIRGO offre ai ricercatori un nuovo strumento per comprendere il ruolo dei microbi vaginali nella salute umana e, in sostanza, per progettare nuove soluzioni per diagnosticare, prevenire e curare le condizioni che colpiscono milioni di donne in tutto il mondo».

Tra tutti, un dato emerge da questo paper. Ossia la scoperta di quasi un milione di geni non ridondanti nei batteri vaginali. Ciò significa che anche all’interno di una singola specie esiste una significativa diversità genomica e funzionale con molti ceppi della stessa specie che lavorano insieme. In pratica un vero e proprio ecosistema. Questa scoperta in un certo senso mette in crisi l’idea ampiamente diffusa che un microbiota vaginale ottimale e protettivo debba essere dominato da un ceppo.

Una nuova “vision” della diversità delle intraspecie che ha profonde implicazioni per la stabilità e la resilienza degli ecosistemi, per il rapporto con la salute dell’ospite e per la possibilità di sfruttare la bioinformatica e l’intelligenza artificiale per sviluppare una nuova classe di terapie. Inoltre, la piattaforma fornisce oltre il novantacinque percento di copertura del microbioma vaginale umano ed è applicabile alle popolazioni del Nord America, Africa e Asia .

«VIRGO rappresenta oggi la fotografia più dettagliata del microbioma vaginale e del suo rapporto con la salute umana» ha dichiarato Luba Greenwood, co-fondatrice e CEO di LUCA Biologics. «Questa panoramica senza precedenti della diversità delle intraspecie va ben oltre lo scopo degli attuali riferimenti al genoma e introduce nuovi criteri di selezione e biomarcatori.»

 

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