Il microbiota intestinale visto sotto la lente dell’evoluzione

I risultati dell’interazione tra microbiota e ospite variano in base alla plasticità del microbiota e i cambiamenti nel contesto ambientale.
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Stato dell’arte
Se l’adattamento del nostro genoma è, dal punto di vista evolutivo, estremamente lento, la risposta del microbioma a sollecitazioni esterne è molto più rapida. Lo stile di vita legato all’industrializzazione ha mostrato un profondo impatto sui nostri microrganismi commensali.

Cosa aggiunge questo studio
In questo articolo di commento gli autori esaminano diverse dinamiche che si instaurano tra il genoma umano, l’ambiente e il microbiota e come queste possano impattare sulla salute dell’ospite e sull’eventuale ripristino di un “microbiota ancestrale”.

Conclusioni
I risultati dell’interazione tra microbiota e ospite variano in base al grado con cui quest’ultimo direziona la plasticità del microbiota e i cambiamenti nel contesto industrializzato per promuovere uno stato di salute.

L’industrializzazione, oltre a incidere sul nostro stile di vita, ha un impatto anche sul microbiota intestinale in diversi modi, con conseguenze sulla salute dell’ospite. Il ritorno a una condizione “ancestrale” non sembrerebbe però sempre possibile o vantaggiosa. Molto dipende infatti dalla plasticità del microbioma individuale e dalla risposta agli stimoli.

È quanto conclude il commento da parte di Rachel N. Carmody e colleghi della Harvard University, di recente pubblicato su Science.

Il genoma batterico è più plastico

Quando si parla di capacità adattativa o di risposta agli stimoli, genoma e microbioma corrono a velocità differenti. Mentre per il primo si tratta infatti di un processo lento, per il microbioma è rapido e, talvolta, transitorio.

Molti sono i fattori che lo influenzano tra i quali lo stile vita. Tra questi l’industrializzazione, che ha impattato non solo sulle nostre abitudini, ma anche sui nostri microrganismi commensali, ci allontana dal cosiddetto “microbioma ancestrale”.

Molte malattie sono infatti definite “nuove” e correlate proprio a questo cambiamento di vita del mondo occidentale. Ma l’ipotetico “ritorno alle origini”, almeno per quanto riguarda il microbioma, potrebbe essere realmente positivo e/o fattibile? Difficile rispondere.

Alcuni aspetti della vita moderna, utilizzo di antibiotici in primis, hanno avuto certamente un marcato effetto sul rapporto ospite-batteri con un aumento di certe patologie e la diminuzione di altre.

È stato quindi ipotizzato un ripristino delle condizioni iniziali inoculando ad esempio i ceppi “mancanti” o sfruttando il patrimonio batterico di comunità non civilizzate.

Questo però implicherebbe, con ogni probabilità, ignorare i cambiamenti avvenuti per la selezione naturale per un miglioramento della salute dell’ospite e, di contro, essere a conoscenza della precisa composizione del “microbioma ancestrale”. Vediamoli meglio.

I risultati dello studio su Science

Nonostante l’analisi di reperti (mummie soprattutto) stia dando sempre più risultati, la qualità dei dati rimane tuttavia alquanto limitata. Volendo invece sfruttare il microbioma delle popolazioni contemporanee non civilizzate, non si può avere la certezza che corrisponda esattamente a quello ancestrale, considerando anche come, per quanto minimi, i contatti con la civilizzazione ci siano comunque.

A ciò si aggiunge una carenza di evidenze di come il microbiota di queste popolazioni sia in grado effettivamente di promuovere la salute rispetto a quello “standard”. L’intervariabilità è infatti elevata e non permette di trarre conclusioni generali.

A limitare gli interventi mirati sul microbioma con finalità di salute c’è poi l’effetto fenotipico, che potrebbe avere effetti positivi in un contesto, negativi in altri. Prevotella copri, ad esempio, un ceppo attivo nel metabolismo delle fibre e arricchito in comunità non industrializzate, ha mostrato sia di controllare la tolleranza al glucosio, sia di aumentare l’infiammazione cronica. Il microbiota “non industrializzato” poi, tende ad essere più ricco di ceppi produttori di acidi grassi a catena corta (SCFAs) utili nella maggior parte dei casi ma, in presenza di Parkinson, coinvolti anche nel peggioramento di questa condizione.

Il microbiota dell’era industriale

E come il nostro microbioma ha risposto all’industrializzazione? Quello che possiamo vedere è come l’equilibrio sia dinamico e interattivo con l’ospite. Non è però possibile affermare che questi cambiamenti siano del tutto negativi dato, ad esempio, che da un lato sono in generale aumentate le malattie non trasmissibili ma, dall’altro diminuite quelle infettive.

Di certo abbiamo la capacità di controllare questo dinamismo e di trarne i migliori vantaggi. Il pH dell’apparato gastrointestinale, ad esempio, determina la crescita o meno di certe specie in determinati distretti. L’evoluzione potrebbe poi spiegare le alterazioni di microbioma e perché le interazioni con l’ospite hanno risposto così come hanno fatto.

È il caso di geni microbici in grado di metabolizzare carboidrati complessi, che sono minori nel microbioma industrializzato. Questa potrebbe essere vista come una perdita che incide negativamente sulla nostra salute o, al contrario, come una strategia metagenomica nel sostenere invece geni o ceppi più “utili”.

Conclusioni

Per riassumere: manipolare il microbioma nel tentativo di promuovere uno specifico aspetto potrebbe quindi andare a impattare negativamente su altri. Inoltre, come suggerito dagli autori, bisognerebbe considerare sia i fattori dell’ospite sia quelli ambientali, cose tuttavia spesso disgiunte.

Interessante è però approfondire come l’uomo sia in grado di controllare i cambiamenti ambientali e del microbioma, oltre che conoscere meglio quale sia il core batterico in presenza e assenza di industrializzazione.

Senza dubbio il ripristino dell’equilibrio batterico (eubiosi) ha benefici sull’ospite, quale siano i precisi parametri rimane tuttavia ancora da chiarire.

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