Il deficit dei geni RAG 1 e 2 è un gruppo di condizioni genetiche caratterizzate da eruzioni cutanee, diarrea, febbre e infezioni ricorrenti da agenti patogeni opportunistici. Questi due geni sono coinvolti nella risposta immunitaria: di conseguenza, gli individui con deficit di RAG hanno un sistema immunitario compromesso che li rende più suscettibili a infezioni potenzialmente letali.
Una nuova ricerca pubblicata su Cell Reports Medicine rivela alcune caratteristiche chiave del microbiota in presenza di deficit di RAG.
Nuove prospettive per le immunodeficienze secondarie
Comprendere i meccanismi della colonizzazione microbica in questi soggetti può far luce sugli effetti delle immunodeficienze secondarie, una serie di condizioni in cui il sistema immunitario è indebolito da trattamenti come le terapie antitumorali.
Per colmare questa lacuna di conoscenza, Ryan Blaustein del National Human Genome Research Institute di Bethesda, nel Maryland, e i suoi colleghi hanno analizzato i microbi presenti sulla pelle, nelle narici e nel tratto gastrointestinale di otto pazienti con deficit di RAG.
Come cambia il microbiota
Il microbiota dei pazienti con deficit di RAG è risultato per lo più dominato da Actinobacteriota, Bacteriota, Firmicutes, Proteobacteria, Malassezia e da batteriofagi.
In generale, Cutibacterium acnes era il microbo più abbondante sulla pelle nei soggetti esaminati, anche se alcuni presentavano microbi distinti, tra cui Corynebacterium bovis, Staphylococcus hominis e virus appartenenti alla famiglia dei Papillomaviridae.
È stata inoltre rilevata una minore abbondanza di Escherichia coli e Corynebacterium pseudogenitalium.
La maggior parte di questi microbi, così come Haemophilus influenzae e Malassezia restretta, sono stati trovati anche nel microbiota nasale.
«Nel complesso, la diversità del microbioma cutaneo in presenza di deficit di RAG sembra essere specifica per i singoli pazienti, che presentano firme microbiche potenzialmente correlate alla nicchia ampliata in una popolazione immunodeficiente», affermano i ricercatori.
Firma microbica caratteristica
Il microbiota intestinale dei pazienti con deficit di RAG è dominato da Parabacteroides distonasis e Alistipes onderdonkii, ma ogni individuo presenta una composizione caratteristica.
Inoltre, nel complesso il microbiota intestinale dei pazienti con deficit di RAG è risultato alterato rispetto a quello delle persone sane. «Una varietà di specie batteriche altrimenti assenti nella flora normale sembrano infatti colonizzare i pazienti con deficit di RAG», affermano gli autori.
Nei campioni nasali e fecali di questi pazienti è stata rilevata anche una varietà di virus nuovi o già noti, inclusi diversi ceppi di Norovirus, che è associato a diarrea, vomito e mal di stomaco. Infine, i geni della resistenza antimicrobica sono risultati presenti anche nel microbioma di questi soggetti.
Conclusioni
In conclusione, l’analisi del microbiota di persone con condizioni genetiche che indeboliscono il sistema immunitario potrebbe aiutare a identificare nuovi virus che infettano gli esseri umani.
